Dal mese di dicembre 2019 ha provocato 41 casi di polmonite. La sequenza è stata depositata in una banca dati accessibile, punto di riferimento internazionale per i dati genetici.
Dal mese di dicembre 2019 ha provocato 41 casi di polmonite. La sequenza è stata depositata in una banca dati accessibile, punto di riferimento internazionale per i dati genetici.
E’ STATA completata la mappa genetica del virus misterioso che in Cina a partire da dicembre 2019 ha provocato numerosi casi di polmonite, sette dei quali gravi, nella più popolosa città della Cina orientale, Wuhan, e oggi la morte di una persona. Il completamento della mappa genetica è reso noto dalla rivista Science, che nel suo sito cita come fonte della notizia Xu Jianguo, direttore del Laboratorio nazionale cinese per la prevenzione e il controllo delle malattie infettive.
La sequenza è stata depositata nelle GenBank, la banca dati pubblicamente accessibile, punto di riferimento internazionale per i dati genetici. Adesso tutti i ricercatori del mondo hanno la possibilità di studiare la mappa genetica e di analizzarla per dare un’identità a questo nuovo virus, così enigmatico da non avere ancora un nome. Per i ricercatori la malattia di cui è responsabile è infatti una “polmonite virale dalle cause sconosciute”, come rilevano gli esperti dei Cdc cinesi.
Many thanks to all the people involved from multiple institutions in making these data publicly accessible so quickly. https://t.co/jPNKvsjGEd
— Eddie Holmes (@edwardcholmes) 12 gennaio 2020
Il primo a diffondere la notizia su Twitter è stato il virologo e biologo evoluzionista Edward Holmes, dell’università australiana di Sydney. L’università fa parte del consorzio di centri di ricerca che ha ottenuto la mappa genetica del virus, accanto ai Centri per il controllo delle malattie (Cdc) di Wuhan e alle università cinesi di Shanghai e Huazhong. Un messaggio accolto con entusiasmo dai tanti ricercatori che fin dai primi casi registrati a Whuan avevano chiesto informazioni sul virus. “E’ un momento davvero importante per la salute pubblica”, ha scritto su Twitter il britannico Jeremy Farrar, direttore di una delle maggiori agenzie di ricerca internazionali, la Wellcome Trust.
Next question to answer from the virus genomics is about the size of the non-human animal source population. If the 10 genomes so far are essentially identical then probably all the patients were exposed to the same few animals. Else multiple exposures to larger population.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 11 gennaio 2020
A genetic distance of 1.95×10^3 subst/site would (very very approximately) mean a TMRCA about a year ago. This does not mean the outbreak has been going on for a year – it most likely means the non-human source has a diversity of viruses.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
This could be useful information for the epidemiologists in looking for the non-human animal source and demonstrates, again, the utility of pathogen genome sequences for outbreak response.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
Ultimately we must now wait for the results from the labs involved explaining what they think this means in the context of other information. Great work by some talented teams. Finding a new virus and sequencing it in a matter of days is not an easy undertaking.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
Ultimately we must now wait for the results from the labs involved explaining what they think this means in the context of other information. Great work by some talented teams. Finding a new virus and sequencing it in a matter of days is not an easy undertaking.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
Note – the sequence in question has about 20 non-synonymous mutations and 17 synonymous. Plus multiple mutations in the same codons and adjacent codons. I think this might be an artefact of assembly methods. I imagine this sequence will be updated as further work is done.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
You mean something like – https://t.co/6tF77GeABq ?
— Bat Researcher (@BatResearch) 12 gennaio 2020
I was thinking of something a bit more immediate – i.e., the direct source of zoonotic infection. I.e., is it a cage of live civets brought into the market or is it circulating in domesticated or feral animals? However – I don’t think the very divergent sequence is correct.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
This is extremely interesting, thanks for sharing.
— Lorenzo Subissi (@lsubissi) 12 gennaio 2020
I risultati non si sono fatti attendere: il biologo evoluzionista Andrew Rambaut, dell’Università di Edimburgo, ha scritto in un tweet di avere già calcolato che il nuovo virus è simile per l’89% ai Sarbecovirus, una famiglia di virus parenti della Sars che appartiene al genere Betacoronavirus.
Next question to answer from the virus genomics is about the size of the non-human animal source population. If the 10 genomes so far are essentially identical then probably all the patients were exposed to the same few animals. Else multiple exposures to larger population.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 11 gennaio 2020
Five new genomes released on GISAID by three different labs. An initial (and perhaps unexpected) answer to my question, below. One of the genomes is quite divergent from the others (about 60 nucleotide differences). https://t.co/aRs1IVwd3C https://t.co/JpkKxEWY5j
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
A genetic distance of 1.95×10^3 subst/site would (very very approximately) mean a TMRCA about a year ago. This does not mean the outbreak has been going on for a year – it most likely means the non-human source has a diversity of viruses.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
This could be useful information for the epidemiologists in looking for the non-human animal source and demonstrates, again, the utility of pathogen genome sequences for outbreak response.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
Ultimately we must now wait for the results from the labs involved explaining what they think this means in the context of other information. Great work by some talented teams. Finding a new virus and sequencing it in a matter of days is not an easy undertaking.
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
Here are the details of the genomes released today. To download them you must create a GISAID account and agree to the GISAID agreement: pic.twitter.com/jpW6X8fbAk
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦♂️ (@arambaut) 12 gennaio 2020
Sulla base dei dati preliminari, ha aggiunto il ricercatore, il nuovo virus è simile ad un ceppo noto veicolato dai pipistrelli, mentre sarebbe diverso dal coronavirus responsabile delle due gravi infezioni che finora hanno colpito l’uomo, ossia la Sars (Severe Acute Respiratory Syndrome) e la Mers (Middle East Respiratory Syndrome).
La Commissione sanitaria nazionale cinese ha annunciato che, per tutelare la sicurezza della salute a livello globale, condividerà con l’Organizzazione mondiale della sanità (Oms) le informazioni sulla sequenza genomica del nuovo tipo di coronavirus rilevato nei casi di polmonite virale segnalati nella città di Wuhan.
